La costituzione del Principato fu emanata da Napoleone il 24 giugno 1806. Prevedeva che la somma autorità esecutiva fosse attribuita al Principe che governava attraverso due ministri: il Gran Giudice che assommava in se il ruoli di Ministro della Giustizia, dell’Interno e degli Esteri, ed il Ministro delle Finanze che si occupava anche del culto, della polizia e dell’esercito, delle opere ed edifici pubblici. L’autorità legislativa era affidata al Senato, composto da trentasei membri rinnovabili nominati dai sovrani. Come organo consultivo affiancato ai principi era previsto un Consiglio di Stato formato da sei membri che in unione con i due ministri e alla presenza del sovrano prendeva nome di Consiglio del Principato.
Nonostante questa suddivisione di attribuzioni i principi Baciocchi esercitarono nei confronti dello Stato un potere quasi assoluto. Dopo la fuga dei principi nel 1814, per un breve periodo il Senato assunse il governo provvisorio sotto la presidenza dell’arcivescovo Filippo Sardi.